Nach anfänglichen Schwierigkeiten bei der Klärung des Vorfalls veröffentlichte das Nationale Ermittlungsamt der Philippinen (National Bureau of Investigation, NBI) am 7. August seinen Untersuchungsbericht und empfahl, acht Offiziere der philippinischen Küstenwache wegen Totschlages anzuklagen, darunter den Kommandanten des Patrouillenbootes. Am Tag darauf begab sich Amadeo Perez Jr., Vorsitzender des Manila Wirtschafts- und Kulturbüros (Manila Economic and Cultural Office, MECO), im Auftrag des philippinischen Staatspräsidenten Benigno Aquino III. zu den Hinterbliebenen des getöteten taiwanischen Fischers im südtaiwanischen Landkreis Pingtung und übermittelte „das tief empfundene Bedauern und Bitte um Verzeihung des philippinischen Präsidenten und des phi-lippinischen Volkes“. Die Familie nahm die Entschuldigung an, und auch von der Regierung der Republik China wurde die Geste aus Manila als ausreichend betrachtet.
Infolgedessen hat die Regierung der Republik China die nach dem Vorfall gegen die Philippinen verhängten Sanktionen wieder aufgehoben. So war unter anderem ein Verbot verfügt worden, Arbeitskräfte aus den Philippinen in Taiwan zu beschäftigen. „Die Beziehungen mit den Philippinen sind wieder normal“, hieß es in einer Mitteilung des Außenministeriums der Republik China in Taipeh.
Damit sich in Zukunft nicht ähnliche Vorfälle ereignen, drängt die Regierung in Taipeh auf Fischereiverhandlungen mit Manila. Diese Gespräche sollten sich nach den Vorstellungen des Außenministeriums an den Verhandlungen mit Japan orientieren, aus denen das am 10. April unterzeichnete Fischereiabkommen zwischen Taiwan und Japan hervorging. Ebenso wie in dem Abkommen mit Japan könnte man durch Verhandlungen mit Manila Gewässer, in denen sich Fischer von beiden Seiten frei betätigen dürfen, klar definieren und damit eine friedliche Entwicklung des Fischereigewerbes dort garantieren.